يقع المسجد في مدينة فلج المعلا التي تعتبر واحة خضراء تبعد 50 كم عن إمارة أم القيوين ، وهو قريب من حصن المعلا ويطلق عليه اسم " مسجد الحصن " أو " مسجد المعلا " نسبة إلى الأسرة الحاكمة ، كان حصن المعلا يمثل مكان المصيف للأسرة الحاكمة بالإضافة إلى كونه خط دفاعي عن الإمارة كان المسجد يعتبر المجمع الديني الذي يجمع كل مواطنين فلج المعلا خلال الاحتفالات الدينية ، تم بناء الجامع في عهد الشيخ عبد الله بن راشد المعلا ( 1800 ) م ، وهو يتكون من مربعة كبيرة للصلاة والمحراب ، وبني من الحجارة الطينية والجص كمادة رابطة بالإضافة إلى خشب الجندل .